El edificio que albergaría a la Aduana de Antofagasta fue proyectado y construido en 1867 por la firma arquitectónica Wetmare & Cía. de Valparaíso. Se trata de un edificio de dos pisos, con orientación hacia el mar y construido en forma de «U», abierto a un espacio central que constituye el patio de acceso y circulación; del centro nace una escalera que se bifurca hacia ambos lados, permitiendo el acceso al segundo piso, que en su totalidad es recorrido por un balcón o corredor.

El origen de esta construcción se remonta a las consecuencias territoriales y económicas de la Guerra del Pacífico y de las disputas por la soberanía entre Chile y Bolivia. En virtud del Tratado de Límites de 1866 que firmaron ambos países y que dejó a Chile con nuevas extensiones de tierra ricas en guano y minerales, se hizo necesario contar con un edificio estatal que regulara los tráficos de las extracciones y el pago de impuestos.

Historia del Museo y Actualidad

El museo nace en 1964 como museo histórico, bajo dependencia de la Universidad del Norte de Antofagasta. Luego de un siniestro en 1982, es cerrado al uso público y en 1984, mediante un convenio de comodato, sus colecciones son traspasadas a la DIBAM, quien lo inaugura en el edificio de la Ex Gobernación Marítima de la ciudad (monumento nacional). Posteriormente es traslado al edificio de la Ex Aduana (monumento nacional), donde se encuentran su exhibición hasta la actualidad.